این شورا در سال 1384 برای اداره هر چه بهتر مدرسه تشکیل شد. از وظائف این شورا بررسی و تصمیم گیری متناسب با موضوعات و مسائل مختلف مدرسه است. این شورا معمولا هر هفته جلسه دارد و اعضای آن عبارت اند از:

۱- مدیر مدرسه حجت الاسلام و المسلمین سید محمد رضا طباطبایی

۲- معاون تهذیب حجت الاسلام و المسلمین علی جعفری

۳- معاون آموزش حجت الاسلام و المسلمین محمد امین

۴- معاون آموزش تکمیلی فقه و اصول حجت الاسلام و المسلمین رضا عندلیبی

۵- معاون پژوهش حجت الاسلام و المسلمین سید محمد هادی حسینی

۶- معاون زبان حجت الاسلام و المسلمین سید محمد رضا محدث

۷- معاون تبلیغ حجت الاسلام و المسلمین محمد علی برزگر

۸- مسئول امور فرهنگی حجت الاسلام و المسلمین محمد لطیفی

۹- مسئول پایگاه بسیج حجت الاسلام و المسلمین سید محمد موسوی پور

۱۰- مسئول امور داخلی حجت الاسلام و المسلمین مهدی قلی پور

۱۱- مسئول امور اساتید حجت الاسلام  المسلمین محمد اشتری