این شورا در سال 1384 برای اداره هر چه بهتر مدرسه تشکیل شد. از وظائف این شورا بررسی و تصمیم گیری متناسب با موضوعات و مسائل مختلف مدرسه است. این شورا معمولا هر هفته جلسه دارد و اعضای آن عبارت اند از:

1- مدیر مدرسه حجت الاسلام و المسلمین سید محمد رضا طباطبایی

2- معاون تهذیب حجت الاسلام و المسلمین مصطفی جعفرطیاری

2- معاون آموزش حجت الاسلام و المسلمین محمد امین

3- معاون آموزش تکمیلی فقه و اصول حجت الاسلام و المسلمین احمد شیخ بهایی

4- معاون پژوهش حجت الاسلام و المسلمین سید محمد هادی حسینی

5- معاون زبان حجت الاسلام و المسلمین سید محمد رضا محدث

6- معاون تبلیغ حجت الاسلام و المسلمین علی جعفری

7- مسئول امور فرهنگی حجت الاسلام و المسلمین صبوری

8- مسئول پایگاه بسیج حجت الاسلام و المسلمین فیاضی

9- مسئول امور داخلی حجت الاسلام و المسلمین مهدی قلی پور

10- مسئول امور اساتید حجت الاسلام  المسلمین محمد اشتری