برنامه اولیه این مدرسه در سال 1341 هجری شمسی توسط شهید مظلوم آیت الله دکتر بهشتی (قدس سره) با همفکری تنی چند از علمای حوزه علمیه از جمله حضرات آیات: مشکینی، ربانی شیرازی، حائری تهرانی و قدوسی رحمهم الله تدوین و در مدرسه منتظریه (حقانی) به اجرا گذاشته شد. از سال 1343 شهید بزرگوار آیت الله قدوسی (قدس سره) شخصا مدیریت مدرسه و اجرای برنامه را بر عهده گرفت و از این رهگذر روح تازه‌ای در مدرسه دمیده شد.

حمایت معنوی امام خمینی (قدس سره)، پشتیبانی مالی آیت الله العظمی میلانی (قدس سره) پشتوانه فکری شهید بهشتی (قدس سره)، مدیریت قاطع، تمام وقت و خالصانه شهید قدوسی (قدس سره) و همکاری بسیاری از علمای متعهد و انقلابی وقت حوزه با این مجموعه، مدرسه حقانی را در آن سال‌های پرخفقان پیش از پیروزی انقلاب اسلامی بسان روزنه ای از امید و دریچه‌ای به سوی نور در دیدگاه حوزویان و مؤمنان درآورده بود. 

بسیاری از فضلا و طلاب مدرسه در سال‌های قبل از پیروزی انقلاب بر اثر روشنگری مسئولان و اساتید مدرسه، از هر فرصتی برای مبارزه با نظام منحط سلطنتی استفاده می‌کردند و هم اینان پس از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی، به پیروی از دو سرور و سالار خود شهید بهشتی و شهید قدوسی (رضوان الله علیهما) به خیل خدمت‌گذاران به نظام اسلامی پیوسته و در سنگرهای غالبا پر خطر، به تلاش و جهاد برای استحکام بخشیدن به نظام مقدس و نوپای اسلامی پرداختند و از این رهگذر 59 تن از آنان به فیض عظیم شهادت نائل آمدند که از میان آنان شهید محمد رضا انصاری اراکی از شهدای تظاهرات  19 دی قم در سال 1356، شهید ذبیح الله کرمی از شهدای عملیات مرصاد در مقابله با هجوم منافقین کوردل در سال 1367 و شهید سید محمد حسین نواب از شهدای برون مرزی انقلاب اسلامی در جبهه‌های بوسنی و هرزگوین در سال 1373 را، به دلیل خصوصیات زمانی و مکانی می‌توان نام برد.

یک سال و اندی پس از پیروزی انقلاب اسلامی، همه سو نگری زعمای مدرسه، آنان را بر آن داشت که با فروکش کردن جوش و خروش ماه های اول پیروزی انقلاب، چند تن از دست پروردگان خود را مأمور ادامه کار و برنامه مدرسه نمایند. این مهم، چنانکه آنان می‌خواستند - گرچه نه در حدی که خود آنان می‌توانستند - تحقق یافت و مدرسه با رونقی در خور، در فضای ملکوتی جمهوری اسلامی راه خود را پی گرفت.

در سال 1363 و در زمانی که حدود دو سال از شهادت شهیدان عالی مقام بهشتی و قدوسی (رضوان الله علیهما) می‌گذشت، به دلیل مشکلاتی که برای ادامه کار در ساختمان مدرسه منتظریه پیش آمد، برنامه مدرسه تحت اشراف تنی چند از همفکران و همکاران شهید بهشتی و شهید قدوسی (رضوان الله علیهما) در این برنامه و مدرسه، به مکان دیگری منتقل شد و در سال‌های 1369 تا 1371 با عنایت ویژه مقام معظم رهبری آیت الله العظمی خامنه‌ای دام ظله العالی ساختمان فعلی و موجود مدرسه بنا گردید.

مراسم افتتاحیه مدرسه شهیدین 1372