شورای آموزش مدرسه، مسؤولیت تصمیم گیری و برنامه ریزی در امور آموزشی پایه های اول تا ششم را بر عهده دارد. این شورا بر اساس مقررات و ضوابط شورای مرکز مدیریت حوزه علمیه قم و شیوه مدیریتی شهیدین بهشتی و قدوسی رحمهما الله، مقررات و ضوابطی در امور آموزشی مدرسه، تصویب کرده و لازم الاجرا می شمارد.